Velika međunarodna skupina znanstvenika iz 27 poznatih svjetskih laboratorija, uključujući i hrvatske istraživače Damira Baranašića, Borisa Lenharda i Ozrena Bogdanovića, objavila je u uglednom časopisu Nature Genetics najopsežniji atlas genomskih podataka o ribi zebrici, jednom od najvažnijih životinjskih modela organizma za proučavanje razvoja i bolesti kralježnjaka. Atlas će pomoći znanstvenicima u istraživanju različitih vrsta tumora, uključujući rak kože, srčanih i neurodegenarativnih oboljenja.
Dr. Damir Baranašić prvi je autor toga rada, dr. Boris Lenhard bio je jedan od tri voditelja, dok je dr. Ozren Bogdanović bio jedan od suradnika u istraživanju.
- Iako je zebrica drugi najpopularniji životinjski model za istraživanje nakon miša, dosad nije imala centralizirani i sistematizirani sustav genomskih podataka kao ostali životinjski modelni organizmi. U sklopu našeg projekta, mi smo sakupili više od 1800 genomskih uzoraka zebrice i napravili ih dostupnima na jednome mjestu. Genomski uzorci uključuju javno dostupne i već objavljene podatke, ali i novo proizvedene podatke koji su nam nedostajali za analize. Sa sakupljenim podacima izradili smo prvi atlas regulatornih elemenata u genomu zebrice, koji će služiti istraživačima za daljnje planiranje eksperimenata i omogućiti nova saznanja - rekao nam je dr. Damir Baranašić, postdoktorand na Imperial Collegeu u Londonu te prvi autor rada u Nature Genetics.
- Prilikom izrade takvog atlasa i mi sami smo došli do nekoliko biološki značajnih opažanja opisanih u radu. Neki od tih opažanja uključuju otkriće novih kategorija funkcionalnih elemenata u genomu zebrice te razvoj nove metode za njihovo prikazivanje. Jedno od važnih otkrića je i usporedba regulatorne mreže između zebrice i miša. Miš i zebrica su međusobno evolucijski veoma udaljeni te je direktna usporedba temeljena na sličnosti DNK sekvenci bila gotovo nemoguća, zbog toga smo razvili novi alat za njihovu usporedbu čak i kad je sekvenca DNK među njima različita. Na taj smo način pokazali da je naš resurs koristan i istraživačima koji koriste druge modelne organizme osim zebrice - dodao je Baranašić.
Naš sugovornik stekao je diplomu magistra inženjera molekularne biotehnologije i bioindustrijskih tehnika 2011. godine na programu suradnje Sveučilišta u Zagrebu, odnosno Prehrambeno-biotehnološkog fakulteta i Sveučilišta u Orléansu. Doktorirao je 2016. godine na Tehničkom sveučilištu u Kaiserslauternu, a 2017. zaposlio se kao postdoktorand kod poznatog znanstvenika dr. Borisa Lenharda na Imperial College u Londonu.
- Bioinformatikom se bavim od 2011. godine. Istraživački fokus za vrijeme doktorata uglavnom mi je bio usmjeren na mikrobnu genomiku, a regulatornom genomikom kralježnjaka, točnije zebrice, počeo sam se baviti kod dr. Borisa Lenharda na projektu pod vodstvom dr. Ferenca Müllera sa Sveučilišta u Birminghamu. Taj je projekt rezultirao ovim radom. Početkom 2023. godine namjeravam se vratiti u Hrvatsku kao znanstvenik povratnik na Institut Ruđer Bošković- rekao je Damir Baranašić.
Za sudjelovanje u komentarima je potrebna prijava, odnosno registracija ako još nemaš korisnički profil....